1. Sub Zona Perikanan Pelagis Di perairan Halmahera Timur

Pelagis adalah ikan yang hidup dipermukaan sampai kolom perairan laut. Arahan pemanfaatan sub zona perikanan pelagis meliputi: Perairan Maba-Teluk Buli, Perairan Patani-Laut Halmahera, Perairan Teluk Buli-Laut Halmahera, Perairan Halmahera Timur-Laut Halmahera, Perairan Teluk Kao-Teluk Wasile, Perairan Teluk Kao-Halmahera Timur-Laut Halmahera.

2. Sub Zona Perikanan Demersal Di perairan Halmahera Timur

Demersal adalah ikan yang hidup dan makan di dasar laut. Arahan pemanfaatan sub zona perikanan demersal meliputi: Perairan Pulai Seal-Maba Selatan, Perairan Pulau Cef- Maba Selatan, Perairan Pulau Inggelan-Maba Selatan, Perairan Gotowasi- Teluk Wailo-Maba Selatan, Perairan Teluk Buli, Perairan Pulau Pakal- Maba, Perairan Lolasita-Maba Utara, Perairan Tanjung Lili-Teluk Lolasita- Maba Utara, Perairan Dorosagu-Maba Utara, Perairan Subaim-Tanjung Guruo-Wasile, Perairan Teluk Wasile, Perairan Hatetabako-Kakaraeno- Wasile Tengah, Perairan Tanjung Gorango-Teluk Dobo-Maba Utara

3. Sub Zona Perikanan Pelagis dan Demersal Di perairan Halmahera Timur

Perairan Maba-Buli- Teluk Buli-Halmahera Timur, Perairan Teluk Buli, Perairan Wayamli- Bebsili-Tanjung Bus-Bus-Maba Tengah, Perairan Miaf-Sosolat-Dorosagu- Wasileo-Maba Utara, Perairan Patlean-Teluk Dono-Jara-jara-Maba Utara, Perairan Labi-labi-Tatam-Marimoi-Bololo-Tanjung Nakau-Wasile Utara, Perairan Hilaitetor-Teluk IfisTanjung Tutuo-Wasile Utara, Perairan Tanjung Guruo-Teluk Wasile- Tanjung Hatetabako-Tanjung Nyaolako-Puo- Halmahera Timur, Perairan Loleba-Saramaake-Wasile-Pulau Roni-Wasile Selatan.